Cet agro-carburant est présenté comme un carburant vert, mais l'intérêt de l'ETBE comme carburant écologique, et son appelation de "bioéthanol" sont très controversés pour au moins trois raisons : la transformation de l'éthanol en ETBE utilise des produits chimiques toxiques (acide sulfurique) et une grande quantité d'énergie, qui donne au final un bilan énergétique pour l'ETBE quasiment aussi mauvais que celui de l'essence d'origine fossile (Cf. Note de synthèse commune ADEME-DIREM , Décembre 2002).

L'intérêt principal du biodiesel est d'être issu d'une énergie renouvelable (l'huile végétale brute) n'augmentant pas le taux de CO₂ présent dans l'atmosphère. En effet, durant sa croissance, la plante (en pratique : le colza, bien que le procédé soit applicable à toutes les huiles) consomme par photosynthèse la même quantité de dioxyde de carbone que la combustion du carburant dégagera. Cependant, pour bien maîtriser la valeur écologique d'un carburant, il faut prendre aussi en compte son processus de fabrication, son transport du producteur au consommateur final et faire le bilan énergétique global. Ici, le biodiesel nécessite un apport énergétique pour accélérer le processus d'estérification et se doit d'être traité dans des raffineries spécialisées avant d'être livré aux consommateurs, ce qui alourdit considérablement son efficacité énergétique en particulier face à l'huile végétale carburant. Le biodiesel est non-performant car il n'a que 40 point au niveau d'octane.